במהלך חיפוש מכוח צו של בית המשפט, על החוקרים להזדהות ולמסור לחשוד עותק מצו החיפוש. 

על החיפוש להתקיים בנוכחות שני עדים למעט אם החשוד ויתר על זכות זו. יחד עם זאת חוקרי מס הכנסה יכולים שלא לאשר בחיפוש נוכחותו של עד מסוים, ככל שאותו עד קשור לעניין הנחקר. 

על החוקרים שעורכים את החיפוש לערוך דוח מפורט בו יצוין כל מסמך ו/או חומרים שנתפסו בחיפוש ומהיכן, לרבות רשימה של מסמכים שנתפסו בחיפוש על גופו של אדם.

ככל שהחוקר מחזיק בצו לתפיסת מחשב ו/או חומרי מחשב, הרי שהוא רשאי לתפוס אותם אך הוא אינו רשאי לחדור למחשב ולהפיק פלטי מחשב אלא אם יש בידו צו חדירה למחשב – כך גם לגבי טלפון סלולרי. החיפוש במחשב ייעשה על ידי בעל תפקיד מיומן, קרי, אדם שעבר הכשרה לעניין. 

כאשר מדובר בחיפוש במשרד עורך הדין, תודיע היחידה החוקרת ללשכת עורכי הדין על עריכת חיפוש כדי שנציג מטעמה ינכח בעת החיפוש. שמו של עורך הדין יוותר חסוי.

זכותם של חשודים לסמן מסמכים וחומרים במועד תפיסתם ובטרם יחלו החוקרים לעיין בהם. במקרה שכזה התפוסים יוכנסו לאריזה סגורה, החשוד יחתום על האריזה וזו תיפתח רק בנוכחות החשוד במשרדי החקירות.