כאשר עולה חשד לביצוע עבירת מס על פי חוק מס ערך מוסף, הן כתוצאה מהליכי ביקורת בתחנות מע"מ האזוריות והן באמצעות מודיעין שנאסף ע"י מחלקת המודיעין של רשות המסים, תיפתח חקירת מס.
הבדיקה הראשונית, לרוב, תעשה על ידי מחלקת ביקורת חשבונות במשרדי מע"מ האזוריים, כאשר העוסק או מייצגו (מנהל חשבונות/רואה חשבון) יתבקשו להמציא חומרי הנהלת חשבונות וחומרים אחרים על פי דרישה.
מחלקת הביקורת תנתח את הנתונים והחומרים ותערוך השוואה אל מול המידע אשר נמצא בידי רשות המסים.
לאחר מכן העוסק יוזמן לתשאול בפני מבקר החשבונות שייתכן ויוביל לחקירתו תחת אזהרה, קרי, בהיותו חשוד בביצוע עבירה. בחקירה תחת אזהרה ייבחנו המבקרים האם העבירה מהותית בוצעה מתוך כוונה להתחמק מתשלום מס, או עבירה טכנית שבוצעה מתוך חוסר תשומת לב או חיסרון כיס.

למבקר מע"מ סמכויות של חוקר ולכן ככל והחל בעניינך הליך ביקורת, מומלץ לפנות ללא דיחוי לעו"ד הבקיא במס ערך מוסף, על מנת שייעץ לך וינחה אותך כיצד להתנהל בהליך ולצמצם את הסיכונים הטמונים בהליך הביקורת, הן מבחינת האחריות הפלילית והן מבחינה כספית.
אם במהלך החקירה ע"י מחלקת הביקורת יעלו ממצאים המעידים כי מדובר בתיק חמור יותר, הן מבחינת היקפו והן מבחינת מורכבותו, התיק יועבר למחלקת החקירות של רשות המסים.

יתכנו מקרים בהם החקירה תחל באופן סמוי על ידי מחלקת החקירות של מס ערך מוסף, תוך הכנת תכנית חקירה עם פירוט החשדות ולאחר מכן יוצאו צווים מתאימים בבתי משפט – צווי חיפוש או צווי תפיסה הן בביתו ובמקום עסקו של החשוד והן במשרדי רואה החשבון.
לאחר מכן החקירה תהפוך לגלויה, כאשר במקרים רבים יקדם לחקירה חיפוש בביתו של החשוד בשעת בוקר מוקדמת ביותר, כאשר אלמנט ההפתעה מהווה מרכיב חשוב מאוד וכחלק מהגברת אפקט החרדה של הנחקר.
החשוד יחויב להתלוות לחוקרים כעצור או כמעוכב, הטלפון הנייד יילקח ממנו, החוקרים ילוו אותו בכל צעד וייאסר עליו ליצור קשר עם אחרים כשמעל הכל מרחף החשש ממעצר ממושך.

בתום הליך החקירה והביקורת וככל שקיים בסיס לביצוע העבירות, התיק יועבר להמשך טיפול של המחלקות המשפטיות של רשות המסים או הפרקליטות לצורך קיום שימוע פלילי והגשה של כתב אישום ובמקביל התיק יטופל במישור האזרחי – הוצאת חיובים כספיים ונקיטת הליכי גבייה.